Forsøgte at installere gromacs 5.1.1 via homebrew, alle kommandoer findes ikke

1. Hvordan installerer jeg den nyeste version af Gromacs?
2. Hvordan downloader og installerer jeg Gromacs?
3. Hvordan installerer jeg Gromacs på Windows 10?
4. Hvordan kører jeg Gromacs i Linux?
5. Hvad er den nyeste version af Gromacs?
6. Hvordan kontrollerer jeg Gromacs version?
7. Hvordan installerer jeg Gromacs?
8. Hvordan downloader og installerer jeg Cmake?
9. Hvordan installerer jeg Gromacs med GPU-understøttelse?
10. Hvordan downloader jeg Gromacs i Linux?
11. Hvordan bruger du Gromacs?
12. Sådan afinstalleres Gromacs Linux?

Hvordan installerer jeg den nyeste version af Gromacs?

Alternativt kan du downloade og pakke GROMACS-regressionstestsuite https: // ftp.gromacs.org / regressionstests / regressionstests-2021.2.tjære.gz tarball selv og brug den avancerede cmake-indstilling REGRESSIONTEST_PATH til at angive stien til den udpakkede tarball, som derefter vil blive brugt til test.

Hvordan downloader og installerer jeg Gromacs?

Alternativt kan du downloade og pakke GROMACS-regressionstestpakken http: // gerrit ud.gromacs.org / download / regressionstests-2020.tjære.gz tarball selv og brug den avancerede cmake-indstilling REGRESSIONTEST_PATH til at angive stien til den udpakkede tarball, som derefter vil blive brugt til test.

Hvordan installerer jeg Gromacs på Windows 10?

Procedure

1. Download GROMACS-kildekoden, og pakk et sted ud.
2. Kør CMake GUI.
3. Indstil kildekodekataloget i "Hvor er kildekoden" ...
4. Angiv en anden placering for at placere den indbyggede GROMACS i "Hvor skal binærfiler bygges" ...
5. Klik på Konfigurer. ...
6. Konfiguration stopper, fordi den ikke kan finde FFTW.

Hvordan kører jeg Gromacs i Linux?

Kør inputfil (.

Det næste trin er at kombinere den molekylære struktur (gro-fil), topologi (topfil) MD-parametre (mdp-fil) og (valgfrit) indeksfilen (ndx) for at generere en run input-fil (tpr-udvidelse). Denne fil indeholder alle nødvendige oplysninger for at starte en simulering med GROMACS.

Hvad er den seneste version af Gromacs?

GROMACS

Hvordan kontrollerer jeg Gromacs version?

Indtast bare "pdb2gmx" i terminalen, så lærer du alle de nødvendige oplysninger.

Hvordan installerer jeg Gromacs?

Alternativt kan du downloade og pakke GROMACS-regressionstestpakken http: // gerrit ud.gromacs.org / download / regressionstests-5.1.4.tjære.gz tarball selv og brug den avancerede cmake-indstilling REGRESSIONTEST_PATH til at angive stien til den udpakkede tarball, som derefter vil blive brugt til test.

Hvordan downloader og installerer jeg Cmake?

II- Installation af CMake

Download Windows (WIN32-installationsprogrammet). Du får en fil, der hedder cmake-version-win32-x86.exe. Kør det, og følg installationsprocessen. Sørg for at vælge Add CMake to the system PATH option.

Hvordan installerer jeg Gromacs med GPU-understøttelse?

Download af CUDA-værktøjssæt

Vælg nu den nyeste version af CUDA-værktøjssættet i henhold til dit system herfra. Download den lokale kørselsfil ved hjælp af følgende kommando. Kørfilen indeholder alle vigtige komponenter, der skal installeres. Skift til det bibliotek, hvor du vil downloade installationsprogrammet.

Hvordan downloader jeg Gromacs i Linux?

1. Kom godt i gang. Hvis du har nyinstalleret Ubuntu, skal du ikke glemme at opdatere dine lagerinformations- og softwarepakker i dit system. ...
2. Installation. Det første trin i installationen af ​​Gromacs er at få cmake. I terminalen skal du skrive: sudo apt-get install cmake. ...
3. Nem metode. ...
4. Regelmæssig installation.

Hvordan bruger du Gromacs?

GROMACS oprindelige installationsværktøj bruger PDB-input til at oprette tre filer, der kræves til MD-simulering.
...
Opsætning

1. Opret en 'topologi' fil.
2. konvertere en PDB-proteinstruktur til en GRO-fil med strukturen centreret i en simulationsboks (enhedscelle)
3. Opret en positionsbegrænsningsfil.

Sådan afinstalleres Gromacs Linux?

For at afinstallere denne pakke kan du nemt bruge apt-kommandoen og fjerne pakken fra Linux-operativsystemet. Dette fjerner gromacs og alle dens afhængige pakker, som ikke længere er nødvendige i systemet. Ovenstående kommando fjerner alle konfigurationsfiler og data tilknyttet gromacs-pakken.